refactor: reorganize directory structure

[newtontech]

This PR reorganizes the directory structure by moving all format directories into a formats/ subdirectory.

Changes

• Created dpdata/formats/ directory
• Moved all format directories to dpdata/formats/:
  • abacus, amber, cp2k, deepmd, dftbplus, fhi_aims
  • gaussian, gromacs, lammps, lmdb, md, openmx
  • orca, psi4, pwmat, pymatgen, qe, rdkit
  • siesta, vasp, xyz
• Updated all import statements throughout the codebase
• Updated relative imports in format modules (from .. to from ...)
• Updated dpdata/__init__.py to import from new locations
• Updated tests for new import paths

Notes

• The plugins directory remains at the root level as requested
• All existing tests pass with the new structure

Closes deepmodeling#934

[newtontech]

Kimi CLI Review

Generated with kimi --print from PR metadata and patch diff. Review method: purpose-first, file/diff-based, severity-ordered findings, with tests/security/compatibility/CI impact checked.

PR 审查意见

总体评价

这是一个纯粹的目录重构 PR，将所有 format 模块从 dpdata/<format>/ 移动到 dpdata/formats/<format>/，并相应更新所有导入路径。变更范围大但逻辑清晰，无功能改动。

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审查发现

🔴 高风险（阻塞性问题）

未发现阻塞性问题。

🟡 中风险（需关注）

1. 向后兼容性破坏 — 外部用户若直接 import dpdata.vasp 或 from dpdata.abacus import scf，此次重构将导致 ModuleNotFoundError。虽然 dpdata/__init__.py 保留了 from .formats import lammps, md, vasp 的顶层暴露，但并非所有旧路径都被保留。例如：

   • dpdata.abacus → 已失效
   • dpdata.gaussian.log → 已失效
   • dpdata.deepmd.raw → 已失效

   建议：在 dpdata/ 根目录下添加兼容 shim 模块（deprecated wrappers），或至少在 release note 中明确标注这是 breaking change。

2. 文档/字符串中的旧路径未更新 — dpdata/plugins/gaussian.py 第 92 行 docstring 引用了 :meth:dpdata.gaussian.gjf.make_gaussian_input``，虽已改为 dpdata.formats.gaussian.gjf.make_gaussian_input，但需确认 Sphinx/API 文档生成后链接是否仍然有效。

🟢 低风险 / 建议

3. pre-commit 自动格式化引入的噪音 — Patch 2/2 中 dpdata/plugins/abacus.py、dpdata/plugins/cp2k.py 等文件的 import 顺序被 isort 重新排列（如 from dpdata.format import Format 与 from dpdata.formats.abacus.stru import ... 的顺序交换）。这属于纯格式改动，与目录重构无关，虽无危害但增加了 diff 噪音。

4. 测试覆盖盲区 — PR 描述称"All existing tests pass"，但 metadata 中仅更新了 4 个测试文件的 import（tests/context.py、test_abacus_stru_dump.py、test_lammps_lmp_dump.py、test_lammps_spin.py、test_lmdb.py）。如果存在其他测试或示例脚本直接引用旧路径（如 from dpdata.qe.traj import ...），可能未在 CI 中覆盖。

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残余风险总结

风险项	说明
外部依赖断裂	第三方代码直接引用旧 import 路径将失效
文档滞后	README、docs、示例 notebook 中的 import 示例可能未同步更新（不在 diff 范围内）
插件生态	若存在外部插件包依赖 dpdata.<format> 路径，同样会断裂

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结论

无阻塞性代码问题，但这是一个 breaking change。 若项目遵循语义化版本，此 PR 应触发 minor/major 版本号提升（而非 patch）。建议合并前：

1. 确认是否需要在根目录添加 deprecated shim 以维持向后兼容；
2. 检查文档仓库中的 import 示例是否已同步更新；
3. 在 release note 中明确列出所有受影响的 public import 路径。